Organisme consultatif placé auprès du ministre chargé de l'environnement, le Comité national de l’eau a été instauré par la loi n° 64-1 245 du 16 décembre 1964 relative au régime et à la répartition des eaux et à la lutte contre leur pollution et son organisation et son fonctionnement avaient été précisés par le décret modifié n° 65-749 du 3 septembre 1965.
Sa composition a été modifiée par le décret n° 2007 -833 du 11 mai 2007 (articles D. 213-1 à D. 213-12 du code de l’environnement). Il est désormais composé de représentants de l'État et de ses établissements publics (25 membres), de deux députés et de deux sénateurs, de deux membres du Conseil économique et social, des présidents des comités de bassin, de représentants des collectivités territoriales
dont les associations d’élus (51 membres), de représentants des usagers (51 membres), de deux présidents de commission locale de l’eau et de personnes qualifiées, soit un total de 156 membres, tous titulaires.
Ses membres dans leur nouvelle formation ont ainsi été nommés par un arrêté du 12 décembre 2008 et le Comité national de l’eau a été ainsi mis en place dans ses nouvelles composition et formation pour une durée de six ans par arrêté du ministre de l’écologie, de l’énergie, du développement durable et de l’aménagement du territoire.
Son président est nommé par décret du Premier ministre (actuellement M. le Député André FLAJOLET) et est assisté par trois vices-présidents, le premier étant nommé par le collège des collectivités territoriales et les deux autres par le collège des usagers et en leur sein.
